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【OpenBioMed大模型适配】OpenBioMed在星空体育MLU370板卡上的试用 fengyunkai2023-09-05 16:50:02 回复 1 查看 经验交流
【OpenBioMed大模型适配】OpenBioMed在星空体育MLU370板卡上的试用

OpenBioMed是一个生物医学的Python深度学习工具包。OpenBioMed提供了多模态生物医学数据的处理接口,包括小分子、蛋白质和单细胞的分子结构、转录组学、知识图谱和生物医学文本数据。OpenBioMed支持广泛的下游应用,包括AI药物发现任务和更具挑战性的多模态理解生成任务。



MLU repo:

https://github.com/huismiling/OpenBioMed.git branch: mlu-dev

https://github.com/huismiling/pytorch_geometric.git branch: mlu-dev



环境配置

docker: yellow.hub./pytorch/pytorch:v1.15.0-torch1.9-ubuntu18.04-py37

python 3.7.8

pytorch 1.9

torch_mlu 1.15.0-torch1.9


pip install -r requirements.txt
 
# pip install pyg_lib torch_scatter torch_sparse torch_cluster torch_spline_conv -f https://data.pyg.org/whl/torch-1.9.0+cpu.html
# pyg_lib 不可用,不使用torch_sparse
pip install torch_scatter torch_cluster torch_spline_conv -f https://data.pyg.org/whl/torch-1.9.0+cpu.html
 
# pip install torch-geometric
pip install git+https://github.com/huismiling/pytorch_geometric.git@mlu-dev
# 如果您在安装上述包时遇到问题,请参阅https://pytorch.org/get-started/locally/https://github.com/pyg-team/pytorch_geometric。您也可以考虑从https://data.pyg.org/whl/来下载PyTorch Geometric及其依赖。



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